A menor unidade de organização que o FreeBSD usa para encontrar arquivos é o nome do arquivo. Os nomes dos arquivos diferenciam maiúsculas de minúsculas, o que significa que readme.txt e README.TXT são dois arquivos distintos. O FreeBSD não usa a extensão de um arquivo para determinar se é um programa, documento ou alguma outra forma de dados.

Os arquivos são armazenados em diretórios. Um diretório pode não conter arquivos ou pode conter centenas deles. Um diretório também pode conter outros diretórios, permitindo uma hierarquia de diretórios entre si para organizar os dados.

Arquivos e diretórios são referenciados por meio de um nome, seguido por uma barra, /, seguido por qualquer outro nome de diretório que seja necessário. Por exemplo, se o diretório foo contiver um diretório bar que contenha o arquivo readme.txt, o nome completo ou caminho, para o arquivo é foo/bar/readme.txt. Observe que isso é diferente do Windows® que usa \ para separar nomes de arquivos e diretórios. O FreeBSD não usa letras de unidades ou outros nomes de unidades no caminho. Por exemplo, não se deve digitar c:\foo\bar\readme.txt no FreeBSD.

Diretórios e arquivos são armazenados em um sistema de arquivos. Cada sistema de arquivos contém exatamente um diretório no nível superior, chamado de diretório raiz para esse sistema de arquivos. Este diretório raiz pode conter outros diretórios. Um sistema de arquivos é designado como sistema de arquivos raiz ou /. Todos os outros sistemas de arquivos são montados no sistema de arquivos raiz. Não importa quantos discos estejam no sistema FreeBSD, cada diretório parece fazer parte do mesmo disco.

Considere três sistemas de arquivos, chamados A, B e C. Cada sistema de arquivos tem um diretório raiz, que contém dois outros diretórios, chamados A1, A2 (e da mesma forma B1, B2 e C1, C2).

Chame A de sistema de arquivos raiz. Se ls(1) for usado para visualizar o conteúdo deste diretório, ele mostrará dois subdiretórios, A1 e A2. A árvore de diretórios tem esta aparência: