FreeBSD 用來尋找檔案的最小單位就是檔案的名稱了。 檔案的名稱有大小寫之分，所以說 readme.txt 和 README.TXT 是兩個不同的檔案。 FreeBSD 並不使用副檔名 (.txt) 來判別這是一個程式檔、文件檔或是其他類型的檔案。

檔案存在目錄裡面。 一個目錄中可能沒有任何檔案，也可能有好幾百個檔案。 目錄之中也可以包含其他的目錄； 您可以建立階層式的目錄以便資料的管理。

檔案或目錄的對應是藉由給定的檔案或目錄名稱，然後加上正斜線符號 (/)；之後再視需要加上其他的目錄名稱。 如果您有一個目錄 foo ，裡面有一個目錄叫作 bar，這個目錄中又包含了一個叫 readme.txt 的檔案，那麼這個檔案的全名，或者說檔案的路徑 (Path)就是 foo/bar/readme.txt。注意這與 Windows® 用來分隔檔案與目錄名稱所使用的 \ 不同，且 FreeBSD 在路徑上並不使用磁碟機代號或其他磁碟機名稱，意思是，在 FreeBSD 上不會有人輸入 c:\foo\bar\readme.txt 這種路徑。

目錄及檔案儲存在檔案系統 (File system) 之中。 每個檔案系統都有唯一一個最上層的目錄，叫做根目錄 (Root directory)。 然後在這個根目錄下面才能有其他的目錄。其中一個檔案系統會被指定成為根檔案系統 (Root file system) 或 /，其他的檔案系統均會掛載 (Mount) 在該根檔案系統之下，不論在 FreeBSD 有多少個磁碟，所有目錄都會成為該磁碟的一部份。

假設您有三個檔案系統，分別叫作 A, B 及 C。 每個檔案系統都包含兩個目錄，叫做 A1, A2 (以此類推得 B1, B2 及 C1, C2)。

稱 A 為主要的檔案系統；如果您用 ls(1) 指令查看此目錄的內容，您會看到兩個子目錄： A1 及 A2，如下所示：