FreeBSD 安裝完之後，bsdinstall 會在開機進入新安裝的系統之前提示設定數個選項，本節將介紹這些設定選項。
提示:
系統開機之後，bsdconfig 提供了一個選單導向的方式可用來設定系統使用這些以及其他的選項。
首先，必需設定 root 的密碼，輸入密碼時，並不會直接在畫面上顯示輸入的字元。輸入完密碼之後，必須再輸入一次來確認沒有輸入錯誤。
下個選單會提示建立至少一個使用者帳號。建議使用 root 以外的使用者帳號登入系統，當使用 root 登入時，基本上沒有任何的限制或保護。
使用一般使用者登入較保險且安全。
選擇 來新增新使用者。
若有需要做進一步或特殊的設定，選擇 會開機進入安裝媒體的 Live CD 模式。
若安裝已完成，選擇 重新開啟電腦然後啟動新的 FreeBSD 電腦。不要忘了移除 FreeBSD 安裝媒體，否則電腦會再次開機進入安裝程式。
FreeBSD 開機的過程會顯示許多可以參考的訊息，系統開機完成後，會顯示登入提示，在 login: 提示，輸入安裝時新增的使用者名稱。登入時避免直接使用 root，請參考 節 3.3.1.3, “超級使用者帳號” 來取得當需要管理權限時如何成為超級使用者的說明。
要查看開機過程顯示的訊息可按 Scroll-Lock 鍵來開啟卷軸暫存，然後可使用 PgUp, PgDn 以及方向鍵來捲動訊息。查看完成之後再按 Scroll-Lock 鍵一次來解除畫面鎖定並返回 Console。系統開機一段時間之後要查看這些訊息可在指令提示後輸入 less /var/run/dmesg.boot，查看後按下 q 鍵便可返回指令列。
若在 圖形 2.46, “選擇要開啟的其他服務” 有開啟 sshd，因系統會產生 RSA 及 DSA 金鑰第一次開機可能會有點慢，之後的開機便會恢復正常速度。接著會顯示金鑰的指紋 (Fingerprint)，如這個範例：
Generating public/private rsa1 key pair.
Your identification has been saved in /etc/ssh/ssh_host_key.
Your public key has been saved in /etc/ssh/ssh_host_key.pub.
The key fingerprint is:
10:a0:f5:af:93:ae:a3:1a:b2:bb:3c:35:d9:5a:b3:f3 root@machine3.example.com
The key's randomart image is:
+--[RSA1 1024]----+
| o.. |
| o . . |
| . o |
| o |
| o S |
| + + o |
|o . + * |
|o+ ..+ . |
|==o..o+E |
+-----------------+
Generating public/private dsa key pair.
Your identification has been saved in /etc/ssh/ssh_host_dsa_key.
Your public key has been saved in /etc/ssh/ssh_host_dsa_key.pub.
The key fingerprint is:
7e:1c:ce:dc:8a:3a:18:13:5b:34:b5:cf:d9:d1:47:b2 root@machine3.example.com
The key's randomart image is:
+--[ DSA 1024]----+
| .. . .|
| o . . + |
| . .. . E .|
| . . o o . . |
| + S = . |
| + . = o |
| + . * . |
| . . o . |
| .o. . |
+-----------------+
Starting sshd.請參考 節 13.8, “OpenSSH” 來取得更多有關指紋與 SSH 的資訊。
FreeBSD 預設並不會安裝圖型化介面，請參考 章 5, X Window 系統 取得有關安裝與設定圖型化視窗管理程式的資訊。
正確的將 FreeBSD 電腦關機對保護資料及避免硬體損壞有幫助。在系統尚未正常關機之前請不要關閉電源！ 若使用者為 wheel 群組的成員之一，可在指令列輸入 su 然後輸入 root 密碼來成為超級使用者。接著輸入 shutdown -p now 系統便會關機，若硬體支援的話，電腦會自行關閉電源。